Международная деятельность Института началась с выхода в свет «Микробиологического журнала», который издавался с августа 1925 г. по 1931 г. В нем печатались публикации научных сотрудников как советских, так и зарубежных учреждений. Журнал сыграл важную роль в осуществлении взаимодействия с другими научно-практическими микробиологическими институтами за границей, знакомя Запад с достижениями советской микробиологии. Кроме того, распространение «Микробиологического журнала» за рубежом позволило редакции получать по пересылке (в порядке обмена) европейские периодические издания по микробиологии и инфекционным заболеваниям, а также монографии. Что, в свою очередь, позволило сотрудникам Института быть в курсе достижений зарубежных ученых.
В 60-е гг. устанавливается сотрудничество с Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ). Специалисты Института (Г.П. Облапенко, Ю.П. Рыкушин, А.Ю. Самострельский) приняли непосредственное участие в Глобальной программе ВОЗ по ликвидации оспы на земном шаре. Они внесли большой вклад в решение этой исторической задачи, работая в эпидемически неблагополучных регионах Азии и Африки.
Взаимодействие с ВОЗ осуществляется и в последующие годы – по программам диарейных заболеваний, полиомиелита, дифтерии, кори, краснухи, ВИЧ-инфекции и СПИД.
В настоящее время Институт продолжает активное сотрудничество с ВОЗ: три сотрудника Института являются экспертами-консультантами ВОЗ; на базе Института действуют две субнациональные лаборатории, аккредитованные в ВОЗ (по диагностике полиомиелита и по диагностике кори и краснухи). С 2004 г. лаборатория кишечных инфекций Института проводит обучающие курсы ВОЗ по глобальному надзору за заболеваниями, передающимися с пищевыми продуктами (WHO GFN). Последний семинар по устойчивости к антибиотикам и безопасности пищевых продуктов был проведен для республик Центральной Азии в г. Ташкент (Узбекистан) 23-27 ноября 2015 г.
С 1993 г. Институт является действительным членом Международной сети институтов Пастера, в которую входят 33 института, расположенные на пяти континентах в 26 странах мира. Институт сотрудничает с Парижским Институтом Пастера и другими институтами Сети по проблемам микробиологии, эпидемиологии, вирусологии и иммунологии, в том числе, в рамках программ ликвидации и элиминации инфекционных болезней.
Международная деятельность
Институт является бессменным участником международных программ с соседними странами – Финляндией, Норвегией, Швецией, Эстонией. В настоящее время в рамках Программы по борьбе с ВИЧ/СПИД в Баренцевом регионе Совета Баренцева Евро-Арктического региона (БЕАР) и регионах Партнерства «Северного измерения» Институт сотрудничает с Норвежским институтом общественного здравоохранения, Национальным институтом здравоохранения и социального благосостояния Финляндии (THL). В рамках двусторонних договоров и соглашений ведется сотрудничество с Норвежским институтом общественного здравоохранения и Национальным институтом развития здоровья Эстонии.
Институт также поддерживает и развивает научные контакты и совместные проекты со странами Европы (Франция, Бельгия, Испания), Америки (США), Азии (Вьетнам) и Африки (Гвинейская Республика), а также странами СНГ (Беларусь, Казахстан, Киргизия, Узбекистан).
Ведущий научный сотрудник Института, руководитель клинической группы О.И. Кубарь с 1998 г. является членом правления Европейского форума по качественной клинической практике (EFGCP), входит в состав рабочей группы по образованию; с 2008 г. она является членом Международного комитета по биоэтике ЮНЕСКО (IBC UNESCO).
В рамках реализации распоряжения Правительства РФ о российско-гвинейском научно-техническом сотрудничестве в 2015 г. для специалистов Гвинейской Республики на базе Института было проведено два цикла повышения квалификации («Совершенствование эпидемиологического надзора за корью в Гвинейской Республике в рамках реализации программы ВОЗ по элиминации кори» и «Лабораторная диагностика брюшного тифа и других диарейных заболеваний»), а также один цикл повышения квалификации на базе Института Пастера Гвинеи в г. Киндия (Гвинейская Республика) («Эпидемиология, лабораторная диагностика и профилактика вирусных гепатитов и ВИЧ-инфекции»); в 2016 г. – три цикла повышения квалификации: "По лабораторной диагностике кори и других экзантемных инфекций", "По надзору за возбудителями инфекционных заболеваний, передающихся пищевым путем" и "По лабораторной диагностике вирусного гепатита".